Á vegum Náttúrufræðistofu Kópavogs, Veiðimálastofnunar og Líffræðistofnunar Háskólans var að beiðni Náttúrufræðistofnunar Íslands ráðist í viðamiklar vatnalíffræðirannsóknir sumarið 2000 vegna mats á umhverfisáhrifum fyrirhugaðrar Kárahnjúkavirkjunar. Könnuð voru áhrif fyrirhugaðrar Kárahnjúkavirkjunar ásamt Laugarfellsveitu, Bessastaðaárveitu, Jökulsárveitu, Hafursárveitu og Hraunaveitum á vistfræði vatnakerfa.
Meginmarkmið rannsóknanna var að afla vistfræðilegra gagna um vatnalífríki í straum- og stöðuvötnum á vatnasviði Jökulsár á Dal og Lagarfljóts, lýsa helstu dýrasamfélugum og tengslum þeirra við umhverfið, leggja mat á verndargildi einstakra vatnavistkerfa og meta áhrif fyrirhugaðra framkvæmda á vatnalífríki.
Rannsóknirnar náðu til 25 straumvatna, fjögurra stöðuvatna og sex tjarna frá Brúaröræfum í vestri til Hrauna í austri og frá Vatnajökli í sjó fram í Héraðsflóa. Í rannsóknunum var áhersla lögð á athuganir á fiski og smádýralífi, efnafræði vatns og nokkra vatnafræðilegra þátta.
