Helstu markmið rannsóknarinnar, sem unnin var að beiðni Umhverfissviðs Reykjavíkurborgar, voru að afla grunnþekkingar á lífríki og efnabúskap Rauðavatns og draga upp sem gleggsta mynd af gerð og eðli vistkerfis vatnsins, bæði í tíma og rúmi. Sýni voru því tekin á mismunandi stöðum í vatninu og á mismunandi árstímum.