Upphaf Náttúrufræðistofu Kópavogs má rekja til kaupa Kópavogsbæjar á skeldýrasafni Jóns Bogasonar. Þetta skeldýrasafn er einn af kjörnunum í náttúrugripasafni Náttúrufræðistofunnar. Einnig myndaðist töluvert fuglasafn á tímum Árna Waag sem var fyrsti forstöðumaður stofunnar. Á síðustu árum hefur svo orðið til gott safn af berg- og steintegundum. Það er Kópavogsbær sem stendur að rekstri stofunnar en hún hefur einnig aflað verulegra sértekna með útseldum verkefnum.

Fuglar eru áberandi í safneign Náttúrufræðistofunnar og eru til sýnis yfir 60 tegundir fugla, þar af 11 andartegundir af báðum kynjum, ásamt helstu upplýsingum um fuglana, s.s. stofnstærðir og farleiðir. Hér að neðan er listi yfir helstu fuglahópa sem sjá má í sýningarsal okkar. Undir hverjum hóp má svo finna upplýsingar um helstu tegundir.

Á Náttúrufræðistofu Kópavogs er dálítið safn uppstoppaðra fiska, auk þess sem skoða má lifandi fiska í sjó- og ferskvatnsbúrum. Þetta eru þrjú ferskvatnsbúr, hið stærsta um 1800 litra, og tvö sjóbúr. Í hverju búri er ákveðið þema í gangi. Í stærsta búrinu er líkt eftir aðstæðum í stöðuvatni með hraunbotni og má þar m.a. sjá bleikjuafbrigði úr Þingvallavatni (murtu og dvergbleikju). Hornsílin fá heilt búr fyrir sig og þar má m.a. fylgjast með óðalsatferli hænganna þar sem þeir verja ákveðin svæði af mikilli hörku.

Á safninu eru til sýnis fulltrúar þriggja íslenskra landspendýrategunda, þ.e. refa minka og hagamúsa. Alls finnast sex tegundir spendýra villtar á Íslandi, en það eru auk framataldra tegunda, hreindýr, húsamýs og brúnrottur. Einungis refurinn er upprunalegur, aðrar hafa flust hingað með manninum.

Uppstoppaður útselsbrimill og beinagrind úr háhyrningi eru fulltrúar íslenskra sjávarspendýra, en auk þess á stofan nokkuð af hvalabeinum sem alla jafna eru ekki til sýnis. Talsvert sýningarefni er að auki um hvali og lifnaðarhætti þeirra.

Til flokks liðdýra teljast dýr sem eru með liðskiptan líkama og ytri stoðgrind úr kítíni. Þar á meðal eru krabbadýr, skordýr og áttfætlur, eða það sem margir kalla í daglegu tali „pöddur“. Liðdýr eru stærsti flokkur dýraríkisins og telja um 1.000.000 tegundir eða 3/4  núlifandi dýrategunda.

Á Náttúrufræðistofu Kópavogs er til sýnis fjölbreytt safn lindýra. Meginuppistaða safnsins er lindýrasafn Jóns Bogasonar, en það er eitt fullkomnasta skelja- og lindýrasafn landsins.

Í jarðfræðihluta safnsins er gerð grein fyrir jarðfræði Íslands í máli og myndum. Þar er einnig fjölbreytt steinasafn, þar sem sjá má sýnishorn af algengustu berggerðum landsins, ásamt margs konar holufyllingum, útfellingum og steingervingum. Hér að neðan er fjallað um ákveðin atriði og fyrirbæri í jarðfræði Íslands og áhersla lögð á það sem finna má hér á safninu.