Náttúrufræðistofa Kópavogs hefur framkvæmt nokkrar rannsóknir í tengslum við mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, oftar en ekki í tengslum við fyrirhugaðar virkjanaframkvæmdir. Þessar rannsóknir hafa ýmist verið unnar eingöngu af Náttúrufræðistofunni eða í samvinnu við aðrar rannsóknastofnanir s.s. Háskóla Íslands og Veiðimálastofnun, sem nú hefur sameinast Hafrannsóknarstofnun.
Hér að neðan eru nokkrar rannsóknir vegna umhverfismats sem Náttúrufræðistofan hefur komið að.
Rannsóknir í ám og vötnum á Ófeigsfjarðarheiði 2017
Lífríki vatna á áhrifasvæði Kjalölduveitu í Þjórsá
Rannsóknir á Ófeigsfjarðarheiði 2015
Kísilþörungar og smádýr í Lagarfljóti
Vatnalífríki á virkjanaslóð - áhrif Kárahnjúkavirkjunar